Когда устраивались судилища над важными государственными преступниками, то среди членов суда обязательно были высшие церковные иерархи. Они участвовали в рассмотрении дел и их обсуждении. Правда, в одном отношении Русская православная церковь, несмотря на давление светской власти, сохранила честь – включенные в суды церковники ни разу не подписали смертных приговоров, ссылаясь на запрет церковных соборов выносить приговоры в светских судах. Светская власть не считалась со священным статусом монастырей и относилась к ним как к тюрьмам, ссылая туда в заключение и в работы светских преступников, часто больных и искалеченных пытками. Подобное пренебрежение к иночеству вызывало протест терпеливых ко многим унижениям членов Синода, которые жаловались, что от этого «монашескому чину напрасная тщета происходит».